Blankenburg ist wahrscheinlich um 1230 im Auftrag der askanischen Markgrafen gegründet worden. Zeitlich früher, zwischen dem 7. und 10. Jh. gab es an der Panke eine slawische Burganlage. Das Dorf Blankenburg ist mit 42 Hufen ausgestattet worden. Im Besitz des Rittergutes lagen 8, beim Pfarrer 4 und beim Lehnschulzen 3 Hufen. Den Rest teilten sich die übrigen Bauern. Weiterhin gehörten 24 Kossäten zum Dorf, welches insgesamt rd. 210 Einwohner gehabt haben dürfte. Die erste urkundliche Erwähnung des Dorfes geschieht im Landbuch Kaiser Karl IV. aus dem Jahre 1375.
Das Dorf war bis 1710 im Besitz der Adelsgeschlechter von Röbel und von Barfuß sowie Berliner Bürgermeister und Kaufleute. Das Rittergut und weitere Besitzanteile am Dorf befanden sich teilweise zeitgleich in verschiedenen Händen. Im Zuge des Dreißigjährigen Krieges wurden einige Höfe durch Bauernlegen dem Gutsbesitz zugeschlagen. Als das Rittergut im Jahre 1710 durch Verkauf seitens der von Barfußschen Erben königliche Domäne wurde, gehörten 19 + 2 Hufen zum Besitz bzw. zur Wirtschaft. Das Pfarrgut und 9 Bauern bewirtschafteten die übrigen 21 Hufen. Weitere 6 Kossäten, der Küster und ein Büdner waren Hofbesitzer; zwei Höfe waren wüst. Die Bauern und Kossäten waren bis auf den Lehnschulzen und den Krugwirt Lassbauern (angesetzte und dienstverpflichtete Untertanen). Erst 1811 erkauften sie sich im Zuge der Hardenbergschen Reformen zur Aufhebung der Gutsuntertänigkeit das Grundeigentum und die Freiheit gegenüber den bisher zu leistenden Hand- und Spanndiensten auf dem Rittergut.
Im Jahre 1772 haben sich die Königliche Domäne und die Bauern separiert, d.h. sie haben ihre gemeinsame Hufenwirtschaft (Gemengelage) aufgelöst. Damit in Verbindung haben sich auch räumlich der Gutsbezirk und der Gemeindebezirk herausgebildet. 1820 hoben dann die Bauern und Kossäten ihre bis dahin verbliebene Gemengelage auf, die gemeinschaftliche Hütung behielten sie bis 1876 bei.
Mit der Errichtung einer Haltestelle an der Bernauer Vorortstrecke der Berlin-Stettiner Eisenbahn im Jahre 1877 und der 1882 erfolgten Übernahme des Rittergutes durch die Stadt Berlin zwecks Anlage von Rieselfeldern setzte sukzessive eine stärkere Anbindung des Dorfes an die Stadt Berlin ein. Auf Flächen des Stadtgutes ist ab 1910 die seinerzeit größte Kleingartenanlage in Deutschland entstanden, was zugleich die bauliche Ausdehnung des Ortes eingeschränkt hat. Die Kolonisierung von Ackerland zu Wohnbauland begann im Jahre 1902 und hat gegen 1938 weitgehend die heutige Ausdehnung erfahren - 5348 Einwohner wurden gezählt.
Die Dorflage hat nach 1880 eine starke bauliche Veränderung hin zur Anlage von Drei- und Vierseithöfen erfahren. Die straßenseitigen Fassaden der Bauernhäuser sind durch reiche Stuck- und Putzgestaltung sowie mit Vortreppen versehen. Um 1910 sind einige mehr-geschossige Wohnhäuser für Renditezwecke entstanden. Das Dorfensemble ist als Flächen-denkmal eingestuft und verfügt über mehrere zu Gebäudedenkmälern erhobene Hofanlagen.
Der bedeutendste Bau ist die Dorfkirche, deren ältester Bauteil, das westliche Hallenschiff, um 1250 datiert ist. Im Innern der Feldsteinkirche befinden sich mit dem schwebenden Taufengel, dem Altargemälde und der Bildtafel mit dem Athanasianischen Glaubens-bekenntnis kunsthistorisch wertvolle Gegenstände aus der Zeit um 1700. Die 1908 als Heimstätte für genesende Frauen eröffnete heutige Wohnstätte „Janus Korczak“ für behinderte Menschen an der Krugstege und das Gebäude des 1913 eröffneten neuen Bahnhofes sind weitere herausragende Baulichkeiten.
Die Landwirtschaft wurde 1960 kollektiviert. Seit 1990 gibt es keinen berufsmäßigen Landwirt mehr in Blankenburg. Nennenswerte Industrie gab es in den heutigen Ortsteilgrenzen von Blankenburg nur in Gestalt einer Chemischen Fabrik (für Dungpulver, später Hydro-Karbon) bzw. Fabrik für Plasterzeugnisse (bis 1990) und dem Kombinat Gartenbautechnik in den Jahren 1970 – 1990. Ansonsten herrscht(e) bestenfalls Kleingewerbe mit örtlicher Ausrichtung vor. Überregionale Bedeutung haben die Albert-Schweitzer-Stiftung für betreutes Wohnen und die Fachhochschule für Wirtschaft und Technik.
Nach 1990 sind viele Wohnhäuser in den Siedlungsgebieten außerhalb der Dorflage neu entstanden oder modernisiert worden. Die Entwicklung des in den letzten Jahren sich zu einer Gartenstadt „herausputzenden“ Ortsteiles wird durch Interessengemeinschaften und Vereine unterstützt.
Blankenburg wurde 1920 in das gebildete Groß-Berlin eingemeindet. Seine Gemarkungsfläche hat sich im vorigen Jahrhundert insbesondere durch die Pankeregulierung und den Bau der A 114 gegen Französisch Buchholz und im Zuge eisenbahntechnischer Maßnahmen im Nordosten gegen Karow verringert. Der seit 2002 wieder zum Stadtbezirk Pankow gehörende Ortsteil hat aktuell rd. 6.600 Einwohner.
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